電磁輻射能量既可作為能源來利用，但也能產生危害，其主要危害有以下幾個方面。
（一）引燃引爆
極高頻輻射場能引起導彈控制系統失靈，電爆管效應提前或瀉后；也可使金屬器件之間打火，從而引起火藥、燃油或氣體的燃燒和爆炸。
（二）工業干擾，特別是信號干擾與破壞
可直接影響電子設備、儀器儀表的正常工作，信息失誤、控制失靈，醫院附近的電工電器產生高頻電磁輻射，可干擾腦電圖等儀器無法正常工作。
（三）對身體健康帶來危害
高強度的電磁輻射以熱效應和非熱效應兩種方式作用于人體，可導致機體發生機能障礙和功能紊亂。
電磁輻射對公眾健康的危害主要是健康效應。健康效應又分為軀體效應和種群效應。種群效應不是短時間可以觀察到的，也許使人類變得更加聰明，也許相反使人類的發展受到影響。軀體效應又分為熱效應和非熱效應。熱效應的機理，人類已經了解得比較清楚，人體接受電磁輻射以后，而使機體升溫。如果吸收的輻射能很多，靠人體的溫度調節功能來不及把吸收的熱量散發出去，則會引起體溫升高，進而引發各種癥狀。對于非熱效應的機理，人類目前了解得還不十分充分，但確實存在這種效應：即吸收的輻射能還不足以引起體溫升高，但會出現生物學變化，導致神經衰弱。據資料報到，電磁輻射也會引起癌癥。
在電磁干擾方面，電磁輻射能干擾廣播電視信號，能使心臟起搏器停止，能使飛機導航失控，能使儀器失靈，能使炸彈引爆等。
